石燕是一种古代海洋腕足动物的壳体化石。李时珍《本草纲目》记载，石燕有清凉解毒、镇静安宁的作用。
早在晋代时，著名画家顾恺之（约公元345～406年）在其《启蒙记》中曾提到：“零陵郡有石燕，得风雨则飞如真燕。”可算是有关石燕化石的最早记录。但从此以后，就认为石燕是飞燕的化石，遇风雨，还能“起死回生，”鼓翅飞翔。
此后，北魏著名地理学家、文学家郦道元（公元466～527年）在其名著《水经注》中就有类似的沿用记述：“石燕山（在今湖南祁阳）有石绀而状燕，因以名山。其石或大或小，若母子焉。及雷雨相薄，则石燕群飞，颉颃如真燕矣！”这段文字，颇有绘声绘色之妙。说的是祁阳石燕山，出产变成石头的蚶子，形态像燕，有大有小，若母子之分。每当雷雨之际，石燕会像燕子似的飞翔起来。据目前掌握的地质资料核查，祁阳广布晚泥盆世的海相地层，特别在石灰质岩层内，盛产石燕化石，但由于《水经注》是一部地理学的古典名著，石燕会飞的论述令人相信，以致广为流传了。
郦道元是一位严谨的学者，在写《水经注》时，订正了前人许多讹传错谬之处，即使遇到尚未能作出合理解释的问题，也在书中指明，存疑以待来者。但遗憾的是，在这则记载中，虽对石燕的形态、产地都写得正确，并且能把石燕与蚶子联系起来，从古生物学角度去理解，还是十分难得的，至少与海生的贝类联想在一起，基本上是对的。而为什么把不会飞的化石说成“石燕群飞，颉颃如真燕矣！”却令人费解。不过，考查一下郦道元一生的游踪，他从未到过华南各地，在写《水经注》时，有关北方的地理资料，差不多都亲自走到过，写南方的部分，都是引用前人的资料，再则，他是否真观察过石燕化石本身？恐怕没有，以致出现差错。
风欲起而石燕飞
到了唐代，开始注意到石燕有治病的功能，于是入药。同时，也对传说中的石燕是否会飞的问题给予明确的回答。如李勣（公元584～669年）主持编纂的《新修本草》中提到“永州祁阳西北一百十五里土冈上，掘深丈余取之，形如蚶而小，坚如重石也。俗云，因雷雨则自石穴中出，随雨飞坠，妄也。”这段见解独到的文字，指出石燕的形态与蚶子相似，又坚如石，沉重。但不会飞，将其视作飞燕，是风马牛不相关的。
到宋代，苏颂（公元1020～1101年）在其《本草图经》上记载：“祁阳江畔沙滩上有之，或云生洞中，凝僵似石者佳。”他知道石燕化石，产于江畔沙滩上，可能是这一带含石燕的岩石经过风化侵蚀以后，被水流冲来的。
在唐、宋时代，可能对含石燕地层未作开发，石燕的产量自然有限，当时当作名贵的药材，甚至列为进宫的贡品。
从晋代到宋代这段时间里，人们对石燕的认识逐渐符合客观事实，但所传的石燕是否会飞的真相尚未揭示。
直到11世纪，在张师正的《倦游杂录》中找到答案：“零陵出石燕，旧传雨过则飞。尝见谢郎中鸣云：自在乡中山寺为学，高崖岩石上有如燕状者，圈以笔识之，石为烈日所暴，忽有骤雨过，所识者往往坠地。盖寒热相激而迸，非能飞也。”
张师正在这里介绍了一位从来不出名的乡村医生谢鸣，在寺庙里读书研究学问时，看到崖壁岩石上生有石燕，就用笔圈划出来，经常去察看它是否真会飞？后来，他发现圈划的地方，由于日晒、风吹、雨打、水冲等风化作用，特别是暴雨刚过，热胀冷缩，使岩石崩裂破碎，石燕终于坠地，于是得出了“非能飞也”的正确结论，从而揭示了石燕遇风雨而“飞翔”的秘密。此后，关于石燕化石的记载都类似谢鸣的判断。
至于明代李时珍在其《本草纲目》中所谈到的“石燕有二，一种在此（按：指药用石燕化石），乃石类也，状类燕而有文（纹），元（圆）大者为雄，长小者为雌。”指出了性别的差异。
自《本草纲目》问世以后，许多地方志上都陆续记录了石燕的产地。其时代分布，以泥盆纪最多，次为志留纪，再次为石灰一二叠纪。就地理分布看，以湖南、广西最多，次为湖北、云南、广东、江西、浙江、江苏、山西。但从中药店所收购的石燕看，产于浙江、江苏、山西各石炭一二叠纪地层中的石燕化石极少，基本上是湘、桂、黔一带泥盆纪地层中所产。